Nhật Bản là nước có 5 trường đại học được xếp vào top 100 trường đại học chất lượng hàng đầu thế giới.
1. Đại học Tokyo: Đây là đại học quốc gia đầu tiên ở Nhật Bản, được ra đời vào năm 1877. Đây là trường đại học của châu Á được xếp hạng cao nhất trong bảng xếp hạng ARWU (Academic Ranking of World Universities) từ năm 2003 tới giờ. Đại học này bao gồm 9 khoa, 1 cao đẳng nghệ thuật và khoa học, 15 trường đại học thành viên và 11 học viện. Từ khi thành lập cho tới nay, Đại học Tokyo đã đào tạo ra rất nhiều danh nhân cho nước Nhật, trong đó có 6 thủ tướng cùng rất nhiều nhà toán học, kiến trúc sư …
Đại học Tokyo một ngôi trường rất cổ kính. Đây là nơi mà hầu hết các sinh viên Nhật Bản cũng như các bạn du học sinh đi du học Nhật ao ước được trở thành sinh viên của trường
2. Đại học Kyoto: Đại học Kyoto xếp hạng 24 trong danh sách những trường đại học chất lượng nhất thế giới và xếp thứ hai ở Nhật Bản sau trường đại học Tokyo. Đại học Kyoto là một trong số những trường đại học quốc gia được thành lập đầu tiên ở xứ sở hoa anh đào. Đại học Kyoto là một trong những trung tâm nghiên cứu và là cái nôi đào tạo nhân tài hàng đầu ở Nhật Bản, đã có 6 người đạt được giải thưởng Nobel và 2 người đạt giải thưởng Fields trước đây từng là sinh viên của trường.
ĐH Kyoto từng đào tạo ra người đoạt giải Nobel.
3. Đại học Osaka là trường đại học lâu đời thứ sáu ở Nhật Bản, Đại học Osaka xếp hạng 75 trong danh sách những đại học chất lượng nhất thế giới năm 2010 theo ARWU. Trước kia trường đaih học này có tên là trường cao đẳng Y tế Osaka, và cũng từng là một trong những Đại học Hoàng gia của Nhật Bản. Trường có 11 khoa và 15 đại học thành viên. Đại học Osaka được đánh giá là một trong những trung tâm đào tạo khoa học cơ bản, công nghệ và y tế hàng đầu ở châu Á. Hideki Yukawa giành được giải Nobel Vật lí 1949 nhờ những công trình được thực hiện trong thời kì làm việc tại Đại học Osaka.
Đại học Osaka.
4. Đại học Nagoya được ra đời vào năm 1871 với tiền thân là trường trung cấp dược, trước đây là một trong những trường đại học được bảo trợ bởi Nhật hoàng. Cơ sở hạ tầng của Đại học Nagoya gồm 11 khoa, 13 trường đại học thành viên và 1 bệnh viện trực thuộc. Đây cũng là một trong số những trường giành được nhiều giải thưởng Nobel nhất của Nhật Bản với 4 giải. Năm 2010, theo bảng xếp hạng ARWU, Đại học Nagoya được đánh giá là trường đại học chất lượng thứ 79 trên thế giới và thứ 7 ở châu Á.
ĐH Nayoga.
5. Đại học Tohoku được thành lập vào năm 1907, tiền thân là cao đẳng dược Sendai. Trường có 10 khoa và 15 đại học thành viên. Đây là một trong những trường đại học có số lượng tiến sĩ hàng năm được đạo tạo ra nhiều nhất ở Nhật Bản. Năm 2010, theo bảng xếp hạng ARWU, Đại học Tohoku được đánh giá là đại học chất lượng thứ 84 trên toàn thế giới và thứ 8 ở khu vực châu Á.
ĐH Tohoku.